Вообще есть соответствия рун и чакр,насколько могу судить,наиболее приемлемое предложила рунолог Myrosia :

1 чакра - Уруз и Турисаз
2 чакра - Ансуз, Райдо и Феху, Отила
3 чакра - Кано, Гебо, Дагаз, Ингуз
4 чакра - Вуньо, Хагалаз, Маназ, Лагуз
5 чакра - Наутиз, Иса и Эваз, Беркана
6 чакра - Эйваз, Йер, Соулу, Тейваз
7 чакра - Перт и Альгиз

Также нужно учитывать такое соотношение (если не ошибаюсь тоже авторское соотнесение, но кто именно предложил использовать такое соотношение не знаю,если кто-нибудь знает я укажу автора)

Чакры сочетаются с мирами в таком соотношении:
Муладхара (копчиковый центр) - Свартальхейм;
Свадхистана (сакральная чакра; область лобка) - Муспельхейм;
Манипура (солнечное сплетение) - Ванахейм;
Анахата (область сердца) - Мидгард;
Вишудха (основание горла) - Нифельхейм;
Аджна (третий глаз, межбровье) - Йотунхейм;
Сахасрара (темень) - Альфхейм.

Тут загвоздка в том,что миров 9 ,а чакр 7 и соотнести их в принципе мало возможно,на мой взгляд,просто выкладываю технику,у меня никаких результатов не было (пробовала) ,поэтому ничего сказать не могу.
Сама техника чистки,насколько я понимаю заключается в следующем(автор Кисуля):

"Исходя из расположения миров нужно расположить и руны. Естественно расположение начинается с Мидгарда, где мы все обитаем. Поскольку каждая руна "работает" с одним из горизонтальных миров (не учитывая Мидгард). Восемь из них соответствуют переходам между каким-либо горизонтальным миром и Мидгардом. Поэтому эти руны мы располагаются на теле человека в области сердца (Анахата чакра). Это Феу, Уруз, Иса, Йера, Эйваз, Перт, Отал, Дагаз.
Остальные 4 группы содержат по 4 руны и разбиваются таким образом:
- Райдо, Хагалаз, Тиваз, Лагуз в области Муспельхейма (Свадхистана чакра);
- Кеназ, Наутиз, Беркана, Ингваз в области Ванахейма (Манипура чакра);
- Ансуз, Вуньо, Совило, Манназ в области Йотунхейма (Аджна чакра);
- Турисаз, гебо, Альгиз, Эваз в области Нифельхейма (Вишудха чакра)."
Есть система чистки,основанная на теории соотношения рун и миров,но тут опять загвоздка потому что каждый соотносит миры и руны в принципе как считает нужным,сколько авторов,столько мнений.Поэтому использовать ее на мой взгляд можно,если Вы выделили "свое" соотношения,тогда руны располагаются по мирам,т.е. по точкам Древа,которое в данном случае будет символизировать сам человек.Здесь есть несколько негативных моментов,во-первых нельзя сказать точно как подействуют руны,могут почистить,а могут и привлечь что-то нежелательное в жизнь,во-вторых такая техника это уже ближе к вмешательству в судьбу,что может быть и опасно,если неправильно расположить руны.
Я бы сначала,ограничилась работой с одной руной и одной чакрой,т.е. применив предложенное Myrosia соотношение,расположить 1 руну на 1 чакре и посмотреть за результатом,чтобы процесс двигался постепенно и Вы могли точно знать,как сработает руна именно у Вас.Можно нанести ручкой,можно оставить на время на теле руну(лучше деревянную,камни в данном случае не очень).